糖桂花的儲存如老酒，只要保存得當，時間越久越香濃。一般來說，自家釀制的糖桂花可以保存一至兩年。放在冰箱中更可以保存三至四年不變質。

糖桂花的保存要防止陽光直射，盡可能放在陰涼避光的地方，每次取用時最好使用干凈的器具，食用完畢后立即將蓋緊并放入冰箱。如果聞到糖桂花已經產生異味或者發酸，最好不要食用了。