功能性子宮出血對女性的健康會產生影響。如果出血時間過長和量過大，可能會引起不同程度的貧血，嚴重者可能會出現重度貧血。而長期的子宮出血也讓細菌和病毒更容易侵入人體，容易出現盆腔感染，會出現腹痛或分泌物異常等情況。而盆腔感染如果不及時有效的治療，可能會導致盆腔淤血，卵巢功能受損、輸卵管黏連阻塞等可能會導致出現不孕癥。而不排卵或者黃體功能不足等導致出現功能性子宮的原因，也可能會出現不孕的情況。

無排卵的功能性子宮出血患者或者長期使用雌激素來進行治療的功能性子宮出血患者，應該要注意子宮內膜是否有發生變化，此類患者的子宮內膜可能會出現增生型子宮內膜腺瘤或子宮內膜腺癌，需要特別注意。