大多巨細胞病毒感染是不顯性的。感染后的表現多種多樣。有癥狀者可分為兩個類型：

1、先天性感染

部分患兒在出生后有明顯癥狀，表現為肝脾腫大、持續性黃疸、皮膚瘀點、小頭畸形、脈絡膜視網膜炎、智力低下和運動障礙等。上述任何項表現都可單獨存在，并可伴有生長緩慢、煩躁、有時發熱，體溫自微熱至40℃。但因出生時僅有小部分患兒有臨床癥狀，故多數不能確定診斷。如生后數月至數年才出現癥狀者，也可表現為聽力喪失，輕度神經系統癥狀及發育障礙，以致影響學習。先天性巨細胞病毒患兒，可出現各種先天畸形，可有痙攣狀態、兩側癱瘓、癲癇樣抽搐、視神經萎縮、耳聾（少數患兒發生耳聾），并可對細菌感染的敏感性增加。有的無癥狀先天性巨細胞毒病感染的患兒，雖體格發育正常，仍可有先天畸形及聽力損害，但其發生率和嚴重程度均低于有癥狀的患兒。

2、獲得性感染

本病為自限性疾病，臨床表現一般較輕，雖然多數嬰兒為亞臨床感染，但其癥狀的發生率仍較成人為高，表現為肝、脾和淋巴結腫大、皮疹支、氣管炎或肺炎等，也可出現肝炎。與先天性感染患兒不同者為神經系統極少被侵犯。兒童期感染常通過呼吸道獲得，常為不顯性，但成為長期帶毒者，偶可出現遷延性肝炎或間質性肺炎。多次接受新鮮血液輸血的患兒，也可發生此病，其表現可酷似傳染性單核細胞增多癥，但EB病毒衣殼抗原的嗜異凝集反應和IgM抗體始終陰性，也可引起溶血性貧血或感染性末梢神經炎。