目前為止專家都沒有辦法明確解釋惡性葡萄胎發生的原因。曾經有各種原因說法的提出，例如是因為胚胎早期死亡、第二極體內復制學說、營養因素、病毒感染學說等，但這些說法都沒有實質的證據能夠證明，也有學者認為葡萄胎的發生與染色體異常有關。

不管如何，惡性葡萄胎都是由葡萄胎發展而成的。根據病例的調查和研究發現，惡性葡萄胎的發生和患者的營養狀況、社會經濟及年齡有關。年齡大于40歲者葡萄胎發生率比年輕婦女高10倍。惡性葡萄胎發生的機會為5%～20%，由葡萄胎惡變成惡性葡萄胎或絨毛膜癌。因為惡性葡萄胎是惡性腫瘤，所以惡性葡萄胎也就是癌癥惡性葡萄胎。