精子畸形率高的治療是需要根據發生的原因來看的。如果消除可不利因素（藥物、放射線、高溫、酒等），就應該針對病因進行治療。由生殖道感染引起的患者，要進行抗炎治療；如果是內分泌異常所致的患者，就要作出內分泌功能調整；對精索靜脈曲張的患者，應考慮手術治療，并且越早越好。

當精子畸形率超過70%的時候，就應進行染色體檢查，如有染色體病，治療會相對困難。另外還有一種方法可以解決因為精子畸形率高引起的不孕不育，那就是夫妻間人工授精，用裴爾科密度梯度離心法，可分離出活動力Ⅲ、Ⅳ級，形態正常的精子達90%，后行人工授精。

在中醫看來，精子畸形的發生常常和腎有關系，因此，確診后患者可以在醫生咨詢下服用相關補腎促精藥物輔助治療。