嬰兒濕疹不建議長期用藥，涂藥只是權宜之計，用多了會形成激素依賴癥，盡量給寶寶用點沒有激素的藥，或者使用中藥成分的外用藥。中醫治療濕疹的方針，是把體內積聚的熱毒引發出來而予以排除，同時要改善體質，令機能回復正常，采用的方法包括健脾、化濕、活血、清瀉等。

內用藥基本方包括土菌陳、土茯苓、扁豆衣、龜板各5錢熬湯飲之，但是臨床施藥時亦應該按照嬰兒個人的體質調整。外用藥部分，可以用黃岑、川蓮、黃柏、苦參、百部、徐長卿，將所有藥材煲水洗沬患處即可。

另一方面，要根治濕疹，最重要的是從日常飲食入手，因為若一面吃藥排毒，一面又吃進帶毒食物，要痊愈也很難。首先，避免喂過量的食物以保持正常消化。如疑牛奶過敏，可較久煮沸，使其蛋白變性，以減輕其抗原性。必要時可用配方奶或豆漿代替牛奶。如疑對雞蛋過敏，可單給蛋黃，或從少量蛋白開始，逐漸加量。喂母奶的母親可酌情忌可疑過敏物如雞蛋、牛羊肉等。