新生兒破傷風的治療主要有四種方式，首先是護理，將患兒安置在安靜避光的環境中，這樣可以盡量減少刺激和痙攣的發作。而在痙攣期應該暫停進食，可以通過靜脈供給營養，癥狀減輕之后才能試用胃管喂養。除了這些，寶寶的臍部還需要使用3%過氧化氫清洗，涂抹碘酒、酒精以進行護理。

其次是要進行抗病毒治療，但是抗病毒治療只能中和游離破傷風病毒，這種治療方式對于已與神經節苷脂結合的毒素是無效的，因此需要盡早使用。

第三，治療還需要通過止痙藥來控制痙攣，它可是成功治療的關鍵，這類藥物主要有地西泮、苯巴比妥鈉和水合氯醛。地西泮的使用方法是緩慢靜脈注射，5分鐘內即可達有效濃度；苯巴比妥鈉也是靜脈注射，可與地西泮交替使用；使用10%水合氯醛用胃管注入或灌腸，它是用于臨時發作時的用藥。

第四，使用抗生素治療，青霉素或頭孢菌素、鉀硝唑、靜脈滴注等都可以殺滅破傷風桿菌，達到治療效果。