腹腔妊娠的原因的原因有很多。原發性腹腔妊娠是比較少見的，這種腹腔妊娠是指受精卵直接種植在腹膜、腸系膜、大網膜、骨盆腔內的異位子宮內膜上，繼續發育生長。主要的原因是受精卵種植在腹膜，腹膜是由體腔上皮衍生而來，具有潛在的副中腎管上皮的功能，如子宮后壁常有蛻膜反應即為例證；子宮內膜種植在壁層或臟層表面，有利于受精卵的種植。

還有可能就是因為子宮有缺損，例如疤痕還沒有愈合、憩室、子宮發育不良自發破，裂子宮腹膜瘺等。最多見受精卵先種植在輸卵管內，然后，發生破裂或流產，胚囊落入腹腔，附著于大網膜、腸系膜、臟器等處，繼續生長發育成腹腔妊娠。胚囊可與輸卵管、子宮、卵巢仍有聯系，或有破損痕跡。