都說有利就有弊，世間萬物是矛盾的綜合體，卵磷脂既然有著以上諸多功效，必然就會有這副作用。卵磷脂的副作用主要有以下這些：

1、卵磷脂的主要副作用是過敏，因此有過敏史的患者建議不用使用卵磷脂。

2、卵磷脂中的膽堿對脂肪有親和力，但是若體內膽堿不足，則會影響脂肪代謝，造成脂肪在肝內積聚，形成脂肪肝甚至會發炎腫脹。

3、卵磷脂是腦組織重要的構成物質之一。大腦的思維活動是通過腦神經細胞之間的特定聯系完成的，這種特定聯系以乙酰膽堿為基礎。如果缺少乙酰膽堿，這種聯系就會減弱，大腦將會出現思維能力減退、記憶力下降，甚至喪失記憶等嚴重問題。

4、不恰當地服用卵磷脂不僅不會發揮卵磷脂的功效，還會引起相關的副作用，因此必須按照說明方法來正確服用。