小兒血管瘤的原因比較復雜，截止目前醫學界沒有一個準確的說法，普遍被認可的原因有如下兩類：

一、目前大多數學者認為人體胚胎發育過程中特別是在早期血管性組織分化階段，由于其控制基因段出現小范圍錯構而導致其特定部位組織分化異常，并發展成血管瘤。

二、 也有學者認為在胚胎早期（8～12月）胚胎組織遭受機械性損傷，局部組織出血造成部分造血干細胞分布到其它胚胎特性細胞中，其中一部分分化成為血管樣組織并最終形成血管瘤。