苦蕎麥茶的功效與作用很多，這并不代表其就沒有任何的副作用。如果不注意這些副作用的話，將很難完全發揮苦蕎麥茶的功效與作用。

1、苦蕎麥茶偏寒性，胃寒或者有胃病的人群過多食用，會造成反酸腹瀉的現象，因此，脾胃虛寒、消化功能不佳、經常腹瀉的人、體質敏感之人不宜食用。

2、少部分人群食用苦蕎麥茶后會引起皮膚搔癢、頭暈、哮喘等過敏癥狀，所以黑苦蕎過敏史者謹慎食用。

3、苦蕎麥茶含蘆丁，有降血壓、降血糖、降血脂作用，低血壓、低血糖及嚴重體型瘦弱病人請謹慎食用。

4、如果飲用者處于饑餓狀態，腹中已經沒有食物的時候再大量喝苦蕎茶的話，會加重饑餓感，特別是低血糖人士，此時會出現血糖下降的不適癥狀。