馬蘭頭根就是馬蘭頭草的根。馬蘭頭根直立，有時略帶紅色。市面上，馬蘭頭有兩種品種，一種是有紅色根莖、顏色偏深綠色的，另一種是白色根莖、顏色淡綠。紅色根莖的馬蘭頭是野生的，靠手工一棵棵挖的，而白色根莖的馬蘭頭是大棚種殖的，大棚種植的馬蘭頭看上去賣相好，但味道淡，吃口差一點。

我國有春天采食馬蘭頭嫩葉嫩莖的習慣，夏、秋季則采收全草，洗凈，鮮用或曬干做藥。馬蘭頭根一般鮮用或曬干做藥。

中醫認為馬蘭頭根性味辛涼、微寒，有清熱解毒、涼血止血、利濕消腫之功效。主治咽喉腫痛、痛癤療瘡、黃疸、水腫、痢疾、淋濁等癥。如有吐血，衄血，齒衄及皮下出血性紫斑病等正阿黃，用 鮮紅梗馬蘭根或全草適量，洗凈搗爛絞汁，以溫水沖服，或大量全草煮汁服。此外，農戶種植馬蘭頭，一般也是采用分根繁殖的方法。每年入冬前，挖掘馬蘭頭根，選擇地勢高燥、排灌方便、土質好的田塊,將馬蘭頭根切段平鋪在溝底，覆土后削平踏實。