雖然南瓜子油有這么多營養價值，但是，經常吃也是不好的。它的副作用就是會使人發胖的。所以還是適量好了。

南瓜子油有小毒，會影響肝臟功能。南瓜子油按正常食量一天一次吃它個30克50克沒有關系的，吃多了，會有惡心的感覺，那是太油膩了，你的肝吃不消了。

當代實驗表明，南瓜子油吃太多，其實是有小毒的，可能會影響到肝功能，并可引起和加重肝內脂肪浸潤，對患有慢性肝炎、脂肪肝的患者來說，不宜食用。

還需要注意的是，胃熱病人宜少食，否則會感到脘腹脹悶。南瓜子油熱量也高，以炒南瓜子取代，有益健康，可降低血壓，但是也應適量食用。一次不要吃得太多，曾有因食用南瓜子油過量而導致頭昏的報道。