金針菇并非人人皆宜。傳統醫學認為，金針菇性寒，脾胃虛寒、慢性腹瀉的人應少吃;關節炎、紅斑狼瘡患者也要慎食，以免加重病情。

網上有傳言說新鮮金針菇有毒，且說這種有毒物質是“秋水仙堿”，人吃后對腎臟影響甚大，甚至在電視節目里也宣傳這種觀點。但其實只要是在正常環境條件下規范生產的金針菇，只要在生產加工過程中不添加有害物質，無論是新鮮的還是干的，都沒有毒。根據國家對金針菇檢測的12個指標，未發現金針菇含有秋水仙堿有毒物質。

有些媒體說新鮮金針菇有毒，估計有可能是把金針菜(黃花菜)當作金針菇，因為新鮮的金針菜的確含有有毒的秋水仙堿，一定要曬干后才能食用。金針菇與金針菜是兩種食物，前者來自菌類，后者來自植物。