有人說金針菇有毒，其實這種說法是片面的。因為只要是在正常環境條件下生產的金針菇，只要在加工的時候沒有添加有害物質的話，不論是不是新鮮的金針菇，都不會有毒的。有些媒體說新鮮金針菇有毒，可能是把金針菜錯當成金針菇了，而金針菜其實是黃花菜，新鮮的金針菜的確是含有有毒的秋水仙堿，一定要曬干后才能食用。金針菇與金針菜是兩種食物，前者來自菌類，后者來自植物。

一般人群均可食用，適合氣血不足、營養不良的老人、兒童、癌癥患者、肝臟病及胃、腸道潰瘍、心腦血管疾病患者食用。但是，其實金針菇也不是人人皆宜。金針菇性寒，脾胃虛寒、慢性腹瀉的人應少吃；關節炎、紅斑狼瘡患者也要慎食，以免加重病情。

而且金針菇不太容易消化，吃的時候注意嚼爛點。