刺兒菜根的臨床應用主要包括以下三個方面：

1、治熱結下焦之血淋、尿血。小便頻數，赤澀熱痛，尿中見血，或血尿，舌紅苔黃，脈數。生地30g，小薊15g，滑石5g，木通6g，蒲黃9g，藕節8g，淡竹葉9g，當歸6g，山梔子9g，甘草6g。每服4錢，去渣溫服，空心食前。方中小薊涼血止血，為君藥。

2、治血熱妄行之上部出血。咳血、咯血、吐血，血色鮮紅，舌紅，脈數。大薊、消極、荷葉、側柏葉、白茅根、茜根、山梔、大黃、牡丹皮、棕櫚皮各9—15g。溫水調服，亦可作湯劑水煎服，食后服下。方中小薊為寒涼之血之品，為君藥。

3、小薊鮮品適量洗凈，搗爛或曬干研末，外敷，治創傷出血。